組織搗碎機的使用非常簡單，在使用組織搗碎機時首先將電機與搗碎棒連接的連軸節向上提，使之能卸下搗碎棒，拿出搗碎杯，將所需搗碎的物質和溶液加入搗碎杯，按原樣裝杯上攪拌棒并將杯蓋蓋緊，準備開機。將調速旋鈕逆時針旋至zui低位置，接通電源，打開電源開關，指示燈亮，再將調速旋鈕順時針旋至您所需的速度，作勻漿攪拌之用，中低速即可。作植物搗碎時應選用高速。高速搗碎時有噪音。更換溶液時，應切斷電源后重復上述操作。

組織搗碎機在使用時，將材料配成稀糊狀液，放置于筒內約1/3體積，蓋緊筒蓋，將調速器先撥至zui慢處，開動開關后，逐步加速至所需速度。為了延長搗碎機使用壽命，連續高速工作時間不宜超過5min。低速時也可做攪拌器使用。

開機之前，必須注意電源與電機上的電壓是否相符。先將刀軸和機軸配合好，后將連接器彈簧性元性向下移動至尺槽內，機器才好運轉。碳刷經常要檢查，如太短要更換新碳刷，如發現碳刷火花不正常應立即停止使用，檢查障礙原因，修理好后方可使用，以免整流器和線圈燒壞。由于電機轉速高，如連續使用會使電機燒壞，因此使用時間以三分鐘為限，停止5分鐘后方可使用。玻璃杯裝置時需與機上圓軸心對準，居中，四面無搖動，方可開機。本機不宜空轉，使用時必須放入少量液體或油脂。放入物料時須緩緩加入，先開慢檔，后開快檔，但慢檔只能作起步作用，不宜常用。